南京大学会计学系起源于1902年三江师范学堂时期的商科，是我国历史最悠久的会计学科。1952年中国大学院系调整时，南京大学的会计学科调整到其他院校。1993年，南京大学恢复设立会计学系，初名国际会计系，2000年更名为会计学系。会计学系现有教师24人，其中，教授10人（博士生导师7人），副教授7人。该系设有会计学和财务管理两个本科专业、会计学硕士及博士专业（含会计学与财务学两个方向）。该系所依托的会计学科于2003年获评为江苏省唯一的会计学省级重点学科，是全国首批开展会计硕士专业学位（MPAcc）教育的单位，也是教育部首批进行会计专业学位研究生教育综合改革试点的两家单位之一。学科目前拥有教育部长江学者特聘教授2人，中组部“万人计划”入选者1人，中宣部全国文化名家暨“四个一批”人才入选者1人，财政部“会计名家培养工程”入选者2人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者1人，国家社会科学基金委员会评审委员1人，财政部企业内部控制标准委员会委员1人，“江苏省十大杰出青年”1人，全国会计领军人才4人。

本学科设有南京大学会计与财务研究院、中国审计研究中心和机构投资者研究中心等多个学术研究平台，在财务会计、公司财务、公司治理、资本市场、管理会计、审计、内部控制、风险管理和投资策略等理论研究与社会实践方面做出了有影响力的成果，无论在人才培养、科学研究，还是在社会服务方面，均取得了突出的成绩。2000年以来，本学科教师承担了多项国家自然科学基金项目和国家自然社会基金项目，在国内外高质量的学术期刊上（包括《经济研究》、《中国工业经济》、《管理世界》、《管理科学学报》、《会计研究》、《金融研究》、《南开管理评论》、Journal of Accounting, Auditing & Finance、The international Journal of Accounting、Journal of International Accounting Research、Accounting Horizons、FinancialManagement、Journal ofInternational Business Studies、Journal ofBusiness, Finance and Accounting、Pacific-BasinFinance Journal、China Journal of AccountingResearch、China Accounting andFinance Review、Journal of Banking andFinance等）发表论文百余篇，其中在《会计研究》的人均发文量居于全国第一；累计获得省部级科研奖项数十项，拥有国家级精品课程1门，出版著作、教材几十余本。

会计学系于2017年与中兴新云建立了全面战略合作关系，合作建设“南大智能财务实验室”。实验室建成后，南京大学会计学科将成为国内首家拥有“智能财务实验室”的高校会计学科，同时也是国内首家将全球化、信息化时代的全新会计核算与财务管理模式全面系统引入到人才培养计划中的高校会计学科。

南京大学会计学系的发展愿景是，秉承南京大学“诚朴雄伟，励学敦行”的校训，践行“嚼得菜根，做得大事”的精神，以学校人文社会与自然科学两大领域的深厚积淀为重要承载，在商学院经济学与管理学两大学科的快速发展和交叉融合的基础上，坚持问题导向，始终立足本土，关注中国会计与财务学发展中的重大理论与现实问题，借鉴国际知识界发展的理论、方法与实践为本土服务，努力建设具有引领力、中国一流、世界知名的会计与财务学领域的文化传承、人才培养、知识创造及社会服务的大学教学科研中心之一。