基础研究是科技原始创新的源泉和动力，是培养和造就科技创新人才的摇篮。数学是科学和技术的工具和语言；而基础数学是数学各方向的基础。因此基础数学的水平是国家科学水平的重要标志。基础数学学科的研究方向体现了现代数学的研究热点，含盖了代数、分析、组合、动力系统、微分几何、数学物理、数论、拓扑、微分方程等现代数学的传统和前沿研究领域。

上海交通大学数学学院数学系以基础数学重要领域的高水平、原创性前沿研究为己任。1983年成为国内首批硕士点，2003年拥有数学一级学科博士点。现已形成一支以代数学、动力系统、数论、组合学、几何与分析、偏微分方程为主要研究方向、实力雄厚的研究队伍。其中包括中国科学院院士1名,美国数学会会士2名，冠名讲席教授2名，特聘教授6名，长聘教授4名，国家杰出青年基金获得者2名，首届高校优秀青年教师教学科研奖励计划获得者2名；教育部新世纪人才1名；上海市优秀学科带头人3名，上海市教学名师1名，上海市教委曙光学者2名，上海市科委科技启明星2名等优秀人才。在群与代数的结构与表示，顶点算子代数，同调代数与三角范畴，代数群和量子群，哥德巴赫及拟哥德巴赫问题，素数分布和堆垒数论，加法数论，图的谱理论，组合矩阵论，复杂网络，组合结构的表示刻划和算法，离散动力系統，流体力学方程组的数学理论，分支理论，常微分方程定性理论与稳定性理论，复动力系统，生物数学，弱化Hilbert 16问题，可积系统的Darboux可积判定，复分析，微分几何，复几何，几何拓扑，几何中的偏微分方程，Boltzmann方程的正则性，非线性退化混合方程的定性理论等方面取得了有影响有特色的研究成果，得到国内外同行的关注。基础数学学科点承担国家自然科学基金委杰出青年科学基金、重点基金、面上基金项目，和上海市重大基础研究计划等一批具有重要理论意义的研究项目；近年来获省部级科技进步奖（自然科学类）7次；国内外学术交流频繁，有长期的国际合作与交流。